过滤+去批次+聚类
过滤+去批次+聚类
说明文档
细胞过滤
剔批次
亚群聚类
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1、细胞过滤
导入数据
UMI数量
基因数量
线粒体含量百分比
提交
sc_pca.jpg
tsne_all.sample.jpg
使用线粒体含量、ncount ,nFeature等对细胞进行过滤
2、剔批次
导入数据
方法类型
SCTransform
harmony
CCA
数据来源
单数据集
多数据集
提交
踢批次前:tsne_all.sample.jpg
踢批次后:Batch.effect.tsne.sample.jpg
使用多种算法进行提批次
单数据集按照样本去批次,多数据集按照数据集去批次
3、亚群聚类
导入数据
分辨率
批次
去批次前
去批次后
提交
tsne.cluster.jpg
umap.cluster.jpg
设置合适的分辨率进行聚类